ใน ปลายรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ เสมียนตราด้วง ต้นสกุล “ ธนโกเศศ ” ได้ทำการบรูณะพระอารามหลวงวัดใหม่อมตรส พร้อมกันนี้ได้สร้างเจดีย์องค์ใหญ่ไว้ที่นี้ เพื่อเป็นมหากุศล โดยเริ่มสร้างตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๔๑๑ จนกระทั่งปี พ.ศ. ๒๔๑๓ จึงแล้วเสร็จ

- การสร้างพระเจดีย์ครั้งนี้ มีการสร้างทั้งพระเจดีย์องค์ใหญ่ เพื่อบรรจุพระ ตามโบราณคติของการสร้างมหากุศล ในอันที่จะสืบทอดพระศาสนา และสร้างเจดีย์องค์เล็กเพื่อบรรจุอัฐิบรรพบุรุษ เมื่อก่อสร้างศาสนสถานเสร็จแล้ว เสมียนตราด้วง ได้เข้าไปกราบของอนุญาต สมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังษี) พระเถระชั้นผู้ใหญ่ ซึ่งเป็นที่เคารพอย่างยิ่งของประชาชนในยุคนั้น ทำการสร้างพระเครื่องเพื่อบรรจุในพระเจดีย์องค์ใหญ่ ณ วัดใหม่อมตรส ที่ตนได้สร้างพึ่งแล้วเสร็จ

-สม เด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังษี) ทรงประทานอนุญาต และมอบผงวิเศษ ที่ใช้ในการสร้างพระสมเด็จวัดระฆังของท่านส่วนหนึ่ง ไปเป็นส่วนผสมในการสร้างในครั้งนี้ และได้ทำการปลุกเสกพระที่สร้างขึ้นใหม่นี้ ตามคำอาราธนาของเสมียนตราด้วง จากนั้นจึงนำพระที่ผ่านการปลุกเสกโดยสมเด็จฯท่านทุกองค์ ไปบรรจุลงในเจดีย์องค์ใหญ่

-สำหรับ พระเนื้อผงที่สร้างในกิจครั้งนี้ เป็นพระเนื้อผงแก่ปูนขาว รูปทรงสี่เหลี่ยม ตามแบบของพระสมเด้จวัดระฆัง ที่สร้างโดยสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังษี) ซึ่งเป็นการสร้างไปแจกไป หากแต่พระที่สร้างขึ้นมาใหม่นี้ เป็นพระที่สร้างขึ้นมาเพื่อบรรจุลงในกรุหรือเจดีย์ทั้งสิ้น โดยมีจำนวนการสร้าง ตามคตินิยมเท่ากับจำนวนพระธรรมขันธ์ คือ ๘๔,๐๐๐ องค์ และได้มีการเรียกชื่อพระเครื่องดังกล่าวนี้ว่า “ พระสมเด็จบางขุนพรหม ” ต่อมาในชั้นหลัง ตามชื่อตำบลที่ตั้งของเจดีย์ซึ่งบรรจุลงในพระเจดีย์องค์ใหญ่

-อายุ ของพระสมเด็จบางขุนพรหมจึงไม่ห่างจากสมเด็จวัดระฆังมากนัก แต่เนื่องจากช่างผู้แกะพิมพ์พระ ต่างกลุ่มกันกับช่างผู้แกะพิมพ์สมเด็จวัดระฆัง ดังนั้นพิมพ์ต่างๆของสมเด็จบางขุนพรหม จึงมีความแตกต่างจากสมเด็จวัดระฆัง แต่ด้วยช่างทั้ง ๒ กลุ่ม เป็นช่างยุคเดียวกัน ซึ่งถือว่าเป็นสกุลช่างศิลปเดียวกัน และได้มีการสร้างที่อาศัยต้นแบบเค้าโครงเดียวกัน ดังนั้นพระเครื่องทั้งสองวัดจึงมีองค์ประกอบศิลปะที่สอดคล้องคล้ายคลึงกัน

-พระสมเด็จบางขุนพรหม ได้มีการจำแนกออกเป็นพิมพ์ใหญ่ๆ ได้ทั้งหมด ๙ พิมพ์คือ
๑  พิมพ์ใหญ่
๒  พิมพ์เจดีย์
๓  พิมพ์เกศบัวตูม
๔  พิมพ์เส้นด้าย
๕  พิมพ์ฐานแซม
๖  พิมพ์สังฆาฏิ
๗  พิมพ์สังฆาฏิ มีหู
๘  พิมพ์ฐานคู่
๙  พิมพ์อกครุฑ

พระสมเด็จบางขุนพรหม ได้ถูกเปิดกรุอย่างไม่เป็นทางการถึง ๓ ครั้ง
ครั้งแรก ในปี พ.ศ.๒๔๒๕
ครั้งที่ ๒ ในปี พ.ศ. ๒๔๓๖

ครั้งที่ ๓ ในปี พ.ศ. ๒๔๕๙
-พระสมเด็จที่ได้มาจากกรุ ทั้ง ๓ ครั้งนี้ เราเรียกโดยรวมว่า “ พระสมเด็จบางขุนพรหมกรุเก่า ”.ซึ่งลักษณะของวรรณะ(ผิว) ขององค์พระที่เกลี้ยงเกลา มีคราบกรุจับอยู่น้อย เนื้อค่อนข้างหยาบกว่าพระที่ขุดในชั้นหลังเล็กน้อย และส่วนใหญ่จะไม่มีคราบฟู หรือเม็ดกรวดทรายจับอยู่บนองค์พระ

-หลัง จากทำการเปิดกรุในยุคแรกไปแล้ว ภายหลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ ได้มีการลักลอบขุดเจาะเจดีย์ เพื่อนำพระออกมาอยู่ตลอดเวลา แม้จะมีมาตรการป้องกันจากทางวัด จนกระทั่งทางวัดใหม่อมตรสมีการประกาศเปิดกรุอย่างเป็นทางการ เพื่อนำพระออกมาจากพระเจดีย์ทั้งหมดโดยเชิญ พลเอกประภาส จารุเสถียร เป้นประธานในพิธีเปิดกรุดังกล่าว เมื่อวันที่ ๒๗ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๐๐ พระที่นำออกมาครั้งนี้เรียกว่า “ พระสมเด็จบางขุนพรหม กรุใหม่ ” พระที่ได้ในครั้งนี้ ส่วนใหญ่เป็นพระเนื้อละเอียดแก่ปูน มีคราบกรุ และคราบเต้าหู้เกาะเป็นชั้นๆ จับหนา (ซึ่งคราบขี้กรุที่จับอยู่บนองค์พระเหล่านี้ เกิดจากความชื้นทำปฏิกิริยากับปูนขาว เกิดเป็นฟอสเฟตเกาะติดบนองค์พระ เนื่องจากพระที่พบ เป็นพระบรรจุอยู่ตรงส่วนฐานขององค์พระเจดีย์ ซึ่งเป็นบริเวณที่มีน้ำท่วมขังอยู่เสอม นอกจากนี้การลักลอบนำพระออกจากกรุวิธีหนึ่ง คือการเทน้ำลงในเจดีย์ที่บรรจุพระ เพื่อให้แรงน้ำที่เขาเทลงไป ทำให้พระกระเด็นขึ้นมาติดสายเบ็ดที่ปลายมีดินเหนียว แล้วนำพระขึ้นมาจากกรุ แต่ทิ้งน้ำไว้ในกรุ จนส่งผลให้พระที่เหลือเปียกชื้นแฉะจนเกิดมีคราบจับหนา พระจำนวนมากที่เกาะติดกันเป็นก้อนไม่สามารถแกะออกจากกันได้ และจำนวนไม่น้อยที่หักเสียหาย จากการกระทำดังกล่าว คงเหลือพระที่มีสภาพดีโดยประมาณ ๓,๐๐๐ องค์) ติดสนิทแน่นเป็นเนื้อเดียวกับองค์พระและทางวัดได้นำพระออกให้บูชา เพื่อหารายได้มาบูรณะวัดฯ โดยมีอัตราทำบุญตั้งแต่ ๕๐๐ - ๒,๐๐๐ บาท ตามสภาพพระ ซึ่งนับว่ามีราคาสูงมากในยุคนั้น

-พระ สมเด็จบางขุนพรหม เป็นพระที่ได้รับความนิยมเป็นอันดับสองรองจากพระสมเด็จวัดระฆัง ในตระกูลพระสมเด็จทั้งสามวัด ที่สมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังษี) ได้มีส่วนสำคัญในการสร้าง ซึ่งพระสมเด็จทั้งสามวัดนี้ ล้วนแล้วแต่ได้รับความนิยมสูงมาก มีราคาแพง หายาก และได้รับความศรัทธาจากประชาชนว่ามีพุทธานุภาพศักดิ์สิทธิ์ ไม่น้อยไปกว่ากัน ที่มีพุทธคุณสูงทางเมตตามหานิยมและแคล้วคลาดนิรันตราย และหลายคนยังเชื่อส่วนตัวว่า นำพระมาขูดผงผสมดื่ม สามารถรักษาโรคต่างฯ ได้เป็นอย่างดี